Le second défi nanoKOMIK a été lancé début 2017 et a impliqué plus de 240 personnes, de plus de 14 ans, dans un processus de création libre. Les participants ont donné vie à leur propre super-héroïne ou super-héros de bande dessinée, le ou la dotant de nanopouvoirs grâce aux surprenantes propriétés qu'acquiert la matière en utilisant la nanotechnologie. Les bases du défi ont été les suivantes.

Durant ce défi, cinq ateliers de science et de bande dessinée ont eu lieu, dont quatre pour les jeunes et un pour les professeurs de secondaire. De plus, un séminaire dirigé aux étudiants des beaux-arts de l'université du Pays basque s'est tenu. 70 travaux ont été présentés au défi nanoKOMIK de 2017, en basque, en espagnol et en anglais.

Les travaux récompensés se sont fait connaître fin juillet 2017 sur ce site web et grâce à une vidéo qui a été diffusée sur les réseaux sociaux.